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太史公司马迁被认为是治史最严谨的史学家，然而，他的一句话却惹起争议：秦始皇的生父究竟是谁？这是一个古老的历史疑案。
据《史记•吕不韦列传》记载，嬴政的父亲子楚（本名异人）在赵国做人质时，当时赵国的政治投机商吕不韦钻了秦国宫廷的空子。吕不韦先与一个能歌善舞的赵姬同居，知道赵姬有身孕后，让赵姬去勾引秦国太子子楚。不久子楚爱上赵姬，吕不韦便把赵姬献给了子楚。赵姬足月后生下嬴政，子楚于是立赵姬为夫人。后来子楚回国继承王位，死后把王位传给嬴政。这种说法被班固所接收，于是《汉书》直接称嬴政为吕政。东汉高诱为《吕氏春秋》作注，他的序记载的情形跟司马迁的记载基本一致：“不韦取邯郸姬，已有身，楚见说之，遂献其姬，至楚所，生男，名之曰正，楚立之为夫人。”唐司马贞《史记索隐》这样解释：“吕政者，始皇名政，是吕不韦幸姬有娠，献庄襄王而生始皇，故云吕政。”
这种说法似乎有一定的道理。《史记•吕不韦传》记载：“姬自匿有身，至大期时生子政。”从两汉到宋元时期，一直都信奉秦始皇是私生子之说，未有异议。不过，如仔细考察文字，期（古音为ji）即一周年。就是说子楚娶了赵姬一年后，赵姬才生嬴政。十月怀胎，一朝分娩，按照这样计算，嬴政应该是子楚之子。
秦始皇果真是私生子吗？这个故事的历史背景是这样的：
秦国丞相吕不韦是赵国人，生于濮阳，在阳翟经商，成为百万富翁。他不以富商为满足，而希望在战国时代混乱的政治争斗中，成为立主定国的英雄。于是，它把注意力转到了秦国，并把精力放到在赵国做人质的秦国公子异人身上，认为这是“奇货可居”，决定进行投资。原来，秦昭王立其子安国君柱为太子后，安国君柱的夫人早死，他便只宠爱一位爱姬华阳夫人，他虽有二十几个而已，但华阳夫人未生育，故迟迟未定立谁为王太孙。安国君有个儿子名叫异人，是他与夏姬生的，异人作为人质住在赵国，因此得不到安国君宠爱，生活穷困潦倒。
吕不韦了解到安国君未立继承人后，决定通过投资把异人培植成继承人。他把异人找来，说：“秦昭王老了，安国君马上要继位，但安国君却未明定继承人。我听说安国君宠爱华阳夫人，而华阳夫人无子，你如果想当秦王，就按我的计划行事。”异人听了，连连称好，一切求教于吕不韦。
吕不韦于是花了一大笔钱买了许多奇珍异宝，亲自带到秦国去，他走后门，求见华阳夫人的姐姐，请她把这些东西作为异人的礼物，转送给华阳夫人。并讲了异人如何结交诸侯宾客，誉满天下，说他日夜思念父亲安国君与夫人。又派华阳夫人的姐姐去游说夫人，劝她趁着年轻貌美之时，为自己的后路作打算，先在诸王子中选中一位做子嗣，立为继承人，这样便可因其子为王，终不失势。华阳夫人觉得的确有道理，找寻机会，流着眼泪向安国君说：“妾幸得充后宫，不幸无子，愿的异人立为嫡嗣，以托妾身。”安国君答应了，并刻玉符为信。这样，异人便成了秦王的继承人，吕不韦的第一步计划完成了。
吕不韦有一天请异人到家里喝酒赏月，酒酣耳热之际，异人看中了吕不韦侍姬中一位漂亮的歌女，竟要求吕不韦将此姬送给他。这位侍姬是吕不韦所宠爱的，而且已怀有吕不韦的孩子。听了异人的请求，吕不韦本来甚为愤怒，但一转念，对这位前途无量的王子已投了不少资，何不再投一笔“大资本”，以便牢牢掌握他。于是应其所请，慷慨地将这位宠姬送给了异人。几个月后，此姬生下一个又白又胖的儿子，取名政，因生于赵国，故姓赵。异人非常高兴，乃立此姬为夫人，是为赵姬夫人，因异人秦王室之姓为赢，所生小孩又叫嬴政。
不久，吕不韦与异人一家回到秦国，因华阳夫人是楚国人，异人特地穿了楚国服装去见她。她大为高兴，说：“吾楚人也，而子字之。”于是异人改名为子楚。不久秦昭王逝世，安国君继位，立子楚为太子。安国君在位一年即死，子楚继位，是为秦庄襄王。秦庄襄王元年（前251年），以吕不韦为丞相，封文信侯，食河南洛阳十万户。吕不韦终于实现了自己的政治理想。
公元前249年，秦庄襄王死，太子政立，即秦始皇。时年仅13岁，尊吕不韦为相国，号“仲父”，吕不韦实际掌握了秦国的军政全权。
这个千古之谜，由于年代久远，事实已无法查实。
那么，秦始皇到底是子楚的儿子，还是吕不韦的儿子，后人争议不休。
认定吕不韦和秦始皇有父子关系的说法，其原因是：
其一，这样可以说明秦始皇不是秦王室的嫡传，反对秦始皇的人就找到了很好的造反理由。
其二，是吕不韦采取的一种战胜信侯的政治斗争的策略，企图以父子亲情，取得秦始皇的支持，增强自己的斗争力量。
其三，解秦灭六国之恨。“六国”之人吕不韦不动一兵一卒，运用计谋，将自己的儿子推上秦国的王位，夺其江山，因此，灭国之愤就可消除。
其四，汉代以后的资料多认为嬴政是吕不韦之子，这为汉取代秦寻求历史依据，他们的逻辑是，秦王内宫如此淫秽，如何治理好一个国家，因此秦亡甚速是很自然的。
后世人也有认为上述传说并不能成立，理由是：
其一，从子楚方面看，即使有吕不韦的阴谋，但其实现的可能性也很渺茫。因为秦昭王在位时，未必一定将王位传于子楚，更不能设想到子楚未来的儿子身上。
其二，从秦始皇的出生日期考虑，假若赵姬在进宫前已经怀孕，秦始皇一定会是不足孕期而生，子楚对此不会不知道。可见，秦始皇的生父应该是子楚，而非吕不韦。
其三，从赵姬的出身看，也大有文章。《史记•秦始皇本纪》记载，秦灭赵后，秦王亲临邯郸，把同秦王母家有愁怨的，尽行坑杀。既然赵姬出身豪门，她怎么能先做吕不韦的姬妾，再被献做异人之妻呢？
这样，就不会存在赵姬肚子里怀上吕不韦的孩子再嫁到异人那里的故事了。
身世之谜也只有留于后人推测了，而“奇货可居”这个成语却由此流传于世。