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普济寺占地37019平方米，共有10殿、12楼、7堂、7轩，计231间，建筑面积11400平方米。全寺有六进殿堂，自南向北贯串在一条中轴线上。
御碑殿
御碑殿坐落在山门内，有明万历、清康熙时的御碑三块，正中一块刻有普济禅寺历史沿革，立于3.5吨重的赑屃上，赑屃昂首伸颈，栩栩如生，服珠能转动，可见雕刻手艺之高超。
钟鼓楼
山门东侧是钟楼，重檐歇山，内悬大铜钟一口，重3500余公斤，铸于清嘉庆十二年（1807年）。西侧有鼓楼，建筑形式同钟楼。每天清晨撞钟，傍晚击鼓，召集僧众参加活动，这就是古代诗文中常言的“晨钟暮鼓”。
天王殿
天王殿，亦称金刚殿。面宽五间，进深四间。进门迎面是一弥勒菩萨，光首、笑脸、袒胸、盘坐，双手各拿一只布袋。传说他的布袋能装世人疾苦，解世人忧愁。佛像两旁有一副对联：“慈颜含笑笑天下之可笑之人，大腹可容容世间难容之事”，劝人们以怀慈悲大度之心 ，用乐观态度对待人生。弥勒菩萨身后是韦驮菩萨，韦驮菩萨昂然挺立，手持宝杵。据传韦驮是神将之首，常于东、南、西三州巡游，守护伽蓝，属护法神。东、南、西、北四大天王紧握手中法器驻守两旁，宛如四名卫士在守护法门。殿后有香樟8株，植茂盖庭。
大圆通殿
大圆通殿是普济寺的主殿，相当于一般寺庙的大雄宝殿，圆通乃观音菩萨别号，所以这座殿供奉的正是观音菩萨。殿堂宏大巍峨，大殿面阔7间，进深6间，重檐歇山，黄琉璃顶，九踩斗拱，门心板雕二龙戏珠，大殿可容数千人，有“活大殿”之称。殿前平台四周围绕石雕栏板，钢鼎炉立于台中，高约4米，上铸“普济禅寺”“千秋宝鼎”“光绪辛丑（即1901年）冬月吉旦”等字样。殿内正中端坐着高达6.5米的观音菩萨，全身金黄，眉清目秀，慈祥含笑，门徒善财和龙女站立两侧，神态天真活泼。
大殿东西两壁又各塑有16尊不同服饰，不同形态的菩萨。囊括男女老少、圣凡人神诸像，称观音三十二应身，即观音以不同身份教化世人时的现身说法形象，加上中间供奉的观音佛身，共33身，这种塑法正体现了观音道场的独特之处。主殿两旁建有配殿。东首文殊殿，供奉应化于五台山的文殊菩萨；西首普贤殿，供奉应化于峨眉山的普贤菩萨。两侧回廊是罗汉堂，各塑9尊共18尊罗汉。
法堂
法堂，面宽5间，重檐歇山。整座建筑楼下是法堂，楼上为藏经楼，收藏万卷经书。两侧建有配殿，东首为普门殿，西首为地藏殿，供奉应化于九华山的地藏菩萨。这样排列，集中中国四大佛教名山的主佛，宾主相比，使“震旦第一佛国”普陀山主佛观音菩萨显得更为突出。后殿立有功德碑，为供募化资金、建寺有功的人留名所用。
方丈殿
殿内陈设清净，简朴大方。殿东首为库房，殿西现为普陀山佛教协会办公室。
功德殿
功德殿在寺最后，是佛教信徒为其祖宗立位做功德的佛堂。殿堂四周附设斋堂、僧舍等。
普济寺内有龙眼泉、菩提泉、菩提井，均为煮云雾佛茶的上品泉水。过去，在附近设有茶室，用于招待香客。这也是普陀山十景之一“静室茶烟”的所在地。