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汉明帝知道马皇后有处理政务的才能，遇到难裁决的事便回后宫让皇后解决
汉明帝通过这件事，知道马皇后很有处理国家政务的才能，有时汉明帝在朝堂上遇到公卿大臣难以裁决的事，便回到后宫试着让马皇后解决。马皇后为他深入地分析事情原委，并提出解决方法，汉明帝也总是听从。从此，马皇后在汉明帝身边服侍时，便帮他处理国家政务，弥补了许多朝政上的缺陷。但她从未提及过自己家的事，因此得到汉明帝的敬重。
永平十八年（公元75年），汉明帝去世，太子刘炟即位，是为汉章帝，马皇后也被尊为皇太后。
明帝新丧，皇太后的弟弟马廖、马防、马光，认为自己是皇亲国戚，不顾国家法令，私闯宫门，非要强行入宫吊丧不可。把守官门的卫士杨仁遵照命令，不放任何人进去。
事后，马廖向汉章帝告状，说卫士杨仁妄自尊大，竟敢对国舅这样无礼。汉章帝将此事告知马太后，太后不仅没生气，反而赞扬说：杨仁执法不阿，不避权贵，这才是国家的忠臣。汉章帝便提拔杨仁为什邡令。
按照汉朝的制度，皇帝死后，诸贵人当徙居南宫。马皇后感于惜别之怀，各赐以赤绶，加安车驷马，越布三千端，杂布二千匹，黄金十斤。
她自己撰写明帝的起居注，并把哥哥马防侍奉明帝医药的事削去。汉章帝说：舅舅为先帝侍奉医药一年多了，不但没有受到奖励，反而连辛苦也不被记录，母后也过分了吧?马皇后回答说：我不想让后人说先帝重用了皇后的家属，所以我才没有写进去。
过了一年，章帝想按照两汉制度封三个舅舅为侯爵，马太后的三个弟弟都上章推辞，太后也不允许。当时，朝政掌握在太后手里，一些大臣以为太后是故作谦虚，为了讨太后和国舅的欢心，便趁第二年夏天，全国大部分地区都发生旱灾，联名上书说：天久旱不雨，是由于陛下不封外戚，引起阴阳失调。请陛下依照祖宗常法，加封帝舅们为侯。马太后看到奏章后，非常气愤，下诏说：“这些上书的人，都是想向我献媚而谋求晋升。他们讲的理由是荒唐的，毫无根据的。西京成帝时，王太后的弟弟王谭、王商、王立、王根、王逢五人同日封侯，当天，黄尘漫天，雾霭四塞，并不闻澍雨之应。武帝时，外戚窦婴、田蚡，位宠身贵，横行不法，倾覆之祸，为世所传。先帝吸取这些的教训，为防止外戚干政，不让他们身处国家枢机之任。诸王的封邑，也减先王之半。他常说：‘我的儿子不应和先帝的儿子等同尊贵。’
皇子尚且如此，现在有些官员为什么要拿我去攀比阴氏呢?我是天下主母，身穿粗布衣服，吃饭也不求甘美，左右随从也只穿布衣，不用香熏花饰，这样俭朴，为的是给天下人做个榜样。
我的娘家人不明此理。最近我外出从家门附近经过，看见去你舅家问安的人，车如流水，马如游龙，家里的佣人也都穿着极其华丽的衣服，我心里很不舒服。当时，我并没有去谴责他们，不过，我回来之后，就立即断绝了对他们的接济，希望他们能从中认识错误，改过自新。但他们不以为然，依然故我，不以国家大事为重，一味地追求享受。知臣者莫若君，况且他们又是我的兄弟。我怎能辜负先帝的旨意，下愧我马氏先人之德，重蹈西京败亡的覆辙呢?”马太后如此作并不只是谦虚，而是怕娘家人权势过盛后，不知收敛，在自己死后如同西汉的那些外戚一样，遭受灭族大祸，这是真心为家族着想。
章帝看完诏书后，觉得有些愧对三位舅舅。重新向太后请求：“两汉制度，国舅封侯，和皇子封王一样。太后固然谦虚，为何不让儿臣加恩三个舅舅。况且舅舅们年纪很大了，万一哪天过世，儿臣岂不抱恨终生。”太后了解章帝的心情，又进一步对章帝解释说：“封侯的事我所以这样决定，是从你和你舅舅两方面的利益出发的，并非为慕得谦让美名，使你蒙受无恩于外戚的指责。景帝时，窦太后要加封王皇后的哥哥，丞相周亚夫坚执不肯，认为高祖有誓言在先，无军功者不得封侯。现在我的兄弟无功于国家，怎能和阴、郭中兴皇后相比呢﹖我常想那些富贵人家，居高官厚禄，还图加爵封土，这就好比再次结果的树木一样，必然伤动根基。况且人们谋求封候的目的，无非是上图祭祀祖先时体面一点，下图自己逸乐享受。现在我娘家祭祀用的是四方珍品，衣食则有国家供给，还有什么必要再受一县之封呢﹖我的决定是不会再更改了。你是个孝顺的儿子，应该让父母安心。如今天气反常，农业歉收，粮价飞涨，人民生活还十分困苦，匈奴又在边境寻衅，内忧外患，弄得我日夜难眠。你却把封帝舅当作什么大事、这不是违背了慈母的拳拳之心吗?我生来脾气刚急，有胸中气，不可不顺。如若阴阳调和，风调雨顺，年成转好，边境靖安，到那时再实现你的意愿也不迟。”汉章帝见太后坚持如此，也只好把封侯的事暂时搁起。
马太后坚持以节俭的风气化行天下，有三个亲王车马衣服很朴素，太后知道后，大加赞赏，每人赐给钱五百万。她亲族中有简朴、谦让义行的，她就加以勉励，而对那些衣服车马奢侈过度的，就开除他们入宫的门籍，遣送回家。在她的倡导下，全国上下都以简朴为荣。后来，她母亲太夫人去世，家中人把坟茔砌得高一些，超过了国家制度的规定，马太后立命马廖将高出的部分削去。
建初四年（公元79年），全国农业获得了大丰收，边境也太平无事。汉章帝又提出封三位舅舅为列侯的事，太后仍然辞让，马氏三兄弟也不愿就封。
汉章帝坚持要封，受封之前，太后将三兄弟召来，劝诫他们说：“我年轻少壮时，时时提醒自己，居不求安，食不贪饱，恭谦克己，兢兢业业，只望能把国家治理好，让百姓们生活得好一些，以不负先帝的遗愿。希望各兄弟也能共承此志，使归天之日，无所遗恨。”三兄弟接受了太后的劝导，受封后不久，便辞去官职，回家养老。
就在这一年，马太后因病逝世，享年四十一岁。马皇后一生勤俭朴素，平和谦逊，知书识礼，明理达义。她的所做所为，对明帝、章帝两朝的政治都有着积极的影响，因此赢得后世人们的赞誉。
（本篇完）