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唐朝大中年间（847－859年），日本僧人慧锷在五台山请得一尊观音像回国。在归国途中，船只突遇风浪，并出现铁莲花阻止前行。慧锷在向上天祈祷后，明晓观音像不肯离开中国，遂在海中的岛屿普陀山白华顶南、岭鹫峰下建院，供奉观音像，时人称之为“不肯去观音院”。
五代十国时的梁贞明年间（915－920年），“不肯去观音院”扩建为寺。宋时先后更名为“五台圆光寺”、“宝陀观音寺”，进入发展的鼎盛时期。明洪武十九年（1421年）和明孝宗嘉庆年间（1522－1566年），寺院两度被毁。在明神宗万历三十三年（1605年），宝陀观音寺被重新修葺和扩建，皇帝亲赐“护国永寿普陀禅寺”的匾额。寺院规模在中国东南一带居于首位。
清康熙八年（1669年），寺院再次毁于荷兰殖民者之手，康熙三十八年（1699年）再度修缮，并赐额“普济群灵”，自此开始称为“普济禅寺”。相信佛法的雍正皇帝在其当政的第九年，下令扩建了殿堂及用房。寺院规模之大，前所未有。
现存的普济寺占地三万七千多平方米，共有十殿、十二楼、七堂、七轩计231间，建筑面积为11400平方米。
在普济寺前有一个建于明朝、面积约为15亩的莲花池，名为“海印池”或“放生池”。池上建有三座桥，中间的一座桥北接普济寺正门，南接御碑亭。御碑亭中有雍正皇帝书写的御碑一方，记载了普陀山的历史。海印池旁还立有元朝时修建的“多宝塔”，高32米，共六层。上面三层塔身，每面都刻有一尊呈跏趺坐式的佛像，十分生动。
普济寺山门也很有特点。它是一个石牌坊，四柱三门，高约20米。坊内北侧树著一个石牌，上书“文武官员军民人等到此下马”，以表达对观音菩萨的尊敬。山门东侧是钟楼，西侧有鼓楼。每天清晨撞钟，傍晚击鼓，即“晨钟暮鼓”。
进入山门，首先来到的是天王殿。大殿面宽五间，进深四间，重檐歇山顶。殿中供奉的是光首、笑脸、袒胸、盘膝、一手拿一支布袋的弥勒佛。天王殿后是八株茂盛的香樟树。
普济寺的主殿是大圆通殿，供奉的是观音菩萨。“圆通”是观音菩萨的别号。殿面宽七间，进深六间，重檐歇山顶，黄琉璃顶，九踩斗拱，十分雄伟庄严。大殿正中端坐着高达8.8米的观音菩萨像，她通体呈金黄色，脸上透露出的是慈祥、安宁的笑容。在其像两侧，分别站立着善财和龙女；东西两壁则矗立着16尊不同服饰、不同形态的菩萨，称“观音三十二应身”，即观音以不同身份教化世人时的现身说法形象。这种雕塑方法是观音道场的独特之处。
普济寺后湾还有真歇庵遗址，是开山祖师真歇和尚修行之处。此外，普济寺后的“慈云石”状如宝鸟，也是世间罕见。