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鉴别牡丹品种，一般是通过花的形状、色彩、香型来区分，其次是通过叶、芽、干、根、果以及株形和分枝方式来识别。
从花冠鉴别
花是鉴定牡丹品种最主要的依据，其特征主要集中于花冠。一般可分为：单瓣型，花瓣1至3轮，宽大，雄雌蕊正常，如‘黄花魁’;荷花型，花瓣4至5轮，宽大一致，开放时形似荷花，如‘似荷莲’;菊花型，花瓣多轮，自外向内层层排列逐渐变小，如‘彩云’;蔷薇型，花瓣自然增多，自外向内明显变小，少部分瓣化，如‘大棕紫’;托桂型，外瓣明显，宽大且平展，雄蕊瓣化，自外向内变细而稍隆起，呈半球型，如‘大胡红’;金环型，外瓣突出且宽大，中瓣狭长竖直，呈金环型，如‘姚黄’;皇冠型，外瓣突出，中瓣越离花心越宽大，形如皇冠，如‘赵粉’;绣球型，雄蕊完全瓣化，排列紧凑，呈球型，如‘赤龙换彩’;楼子台阁型，由2朵或2朵以上楼子类单花上下重叠而成，如‘玉楼点翠’。
从花色上分
牡丹可分红、黄、绿、黑、白、紫、蓝、粉、复色九大色系，在每个色系里又分很多品种，这是最容易分别的。如‘胡红’一看就知道是红色，‘昆山夜光’是白色，‘黑花魁’是黑色，‘花二乔’和‘岛锦’有两种颜色，故为复色。
从香型上分
一般单瓣或层次少的香味浓，白色牡丹多香，紫色更重，黄蓝清香，“嗅其香便知其花”。
从叶片鉴别
牡丹是2回3出复叶。因品种不同，叶片呈现的形状、宽窄、厚薄、颜色等方面各不相同。如‘大胡红’叶大，圆而肥厚，叶面多平展。‘墨洒金’叶形大而长，但小叶狭长，质地薄，稀疏微下垂。‘豆绿’叶背有一层白绒毛。
从枝干辨别
通过株形和分株方式来区别牡丹品种。依株形可分为直立型、半展开型、展开型;依分株方式可分单枝型和丛枝型。
从芽上识别
不同牡丹品种，其芽形与芽色不同。‘二乔’的芽尖而圆;‘青龙卧墨池’的芽尖而带钩，好似鹰嘴;‘脂红’的芽为绿色。
从果实识别
结实力强，心皮呈开张轮状辐射排列的品种，多为单瓣和半重瓣品种，如‘似何莲’等。结实率低，果实簇生，多为重瓣品种，如‘首案红’、‘胡红’等。
从根分辨
根部可作区分牡丹品种的辅助手段。如‘樱落宝珠’无明显主根，多呈蓬松状;‘首案红’的根紫红色。