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一、形式：
我国古代整理古籍所作的注释，大都排印成文内夹注的形式，而文内夹注又多以“双行夹注”的形式出现，即注释的文字加在正文中间，而采用双行小字编排，以示与正文的区别，如：上海古籍出版社《中国古典文学丛书》黄任轲、朱怀春点校清冯应榴《苏轼诗集合注》
如上书此类注释排印形式一直延用至20世纪初。20世纪三十年代，有的学者为自己的著述作注释，仍采用双行小字的夹注。大约到了抗战时期，出现了“单行夹注”这种形式，即注文加在正文中，而排成单行，加一圆括号以资区别，字号或与正文同，或比正文小。如：江苏古籍出版社《水经注疏》就是按单行夹注这种形式来排印的。然而夹注这种形式利弊并存，其最大的优点是便于读者立即对原文进行理解，这里关键还要看注文的长短。若注文短，自然方便读者阅读；若注文太长，甚至长至数页，这样使正文变得支离破碎，则不利于读者阅读，如：中华书局《周礼正义》，即是按单行夹注排印，其主要问题就是注文太长，影响了读者在阅读原文时的前后衔接。
现今整理校注的古籍，大都采用了新的标注形式，改夹注为段后或全文后附注，即在需要作注释的文字处标注上标序号，再在原文一段或全篇之后按所标序号逐一进行解释。因而注文太长夹在正文内影响阅读的问题得以解决，但又产生了新问题：首先，注释没有随文加注，影响了读者直接对原文的理解；其次，若原文过长，有的段落篇章长至数页，为了查阅注释，而产生的翻阅之劳，这又是很麻烦的，然而当读者翻至尾页时注释若很简略，读者则不免有些扫兴。
注释所用的形式，这还要看注者、整理者及出版社这三者对版面的编排：（1）影印古人的原刻印本，原书排版则一仍其旧；（2）古籍旧注的新整理排印本，有的整理者一仍其旧，将其排为双行或单行夹注的形式。如：上海古籍出版社《山谷诗集注》；（3）有的为了统一于新的形式，在整理旧注时则将原书诗文内的夹注改为诗文后附注，如：中华书局《杜诗详注》。
另外，古人所作随文夹注有时则是把校勘记、注释、评点（也有段末或文末的总评）等内容不加区分的编排在一起。而现在的古籍新注本基本上多是将校勘记、注释、考证、评点等项分列于诗文后以附注这种形式编排的，这样使读者一目了然。但也有将校勘、注释、考证、评点等项目合起来编排的，如：2006年6月中华书局杨勇《世说新语校笺》，作者即是将其中之“校勘”、“注释”这两项内容合并，统称“校笺”。这种“校勘”与“注释”合在一起不加区分的形式，其优点是正文内的上标序号只需标注一处，无需区分。而校勘、注释分列的形式，则是在正文需要“校勘”与“注释”处分别标注出各自的上标序号，于正文一篇或一段结束后按正文中“校勘”与“注释”各自的上标序号分别逐一撰写“校勘记”与“注释”，这样“校勘”与“注释”分别在正文中标注各自不同的上标序号，则未免使读者感到混乱。
以上谈到的古籍注释的形式即整理排印古籍注释时所用的两大形式，目前并没有一个统一而协调的解决办法，所以只能留待注者自己在实践中去解决。
二、建议
对于初次阅读古籍的人来说，选读的版本一般不要太难，可选择今人用现代汉语或浅近文言作的注本，也可以配以译文。如：中华书局《中国古典名著译注丛书》中的《论语》就选用了杨伯峻先生的《论语译注》。长期研读古文献的人，或进行专书研究的学者，往往在查阅大量古文献时，会遇到同一书的不同版本，所以要在其中选择最佳版本，即“以精善为要”。又因为查阅者所需资料不同，即使同一书也有不同注本，因而要从中选择目前的最佳注本。如：《李白集》的注本目前有多种。其中，2016年凤凰出版社郁贤浩《李太白全集校注》，为李白研究开创了新局面，是20世纪李白研究的里程碑，亦是20世纪70年代以来李白研究的最高成就。
长期研读古籍的人，在版本的选择上还会遇到另一个问题：是选择“宋元刻本”还是“明清刻本”。这又是另一个重要问题。古籍在流传、整理、刻印过程中，宋元则是一个重要时期。据南宋陈振孙《直斋书录解题》著录南宋以前各类古籍3096部，同时代晁公武《郡斋读书志》则著录古籍达1492部，宋元时期距今已相隔久远，当时保留至今的古籍，已十分稀少，所以弥足珍贵，又因为这时期所整理、校注、刻印的古籍距该古籍原本撰写时间相对较近，因而讹误较少，即古典文献学所说的“近古必存真”。由此可知宋元时期是古籍流传、整理、刻印的重要时期。中华书局袁行霈之《陶渊明集笺注》即以毛扆汲古阁藏北宋刻十卷本《陶渊明集》为底本，参校了6种宋元版本而成。说到“明清版本”，这时期的古籍是经明清两代的学者，尤其是经清代乾嘉学派学者们整理、校注过的本子，在古籍版本学上居于重要的地位。而提到这两种版本，其中商务印书馆出版的《四部丛刊》就是利用张元济涵芬楼所藏宋元刻本进行影印的一套古籍善本丛书，而同时期中华书局排印的《四部备要》则多采用的是经清代学者整理、校注过的本子。这两部丛书的出版在当时以及后来对研究我国历史和古籍整理在版本学上都有一定的价值。