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周敦颐作为宋明理学的开山鼻祖，在中国哲学史上具有重要地位。他率先将“太极”和“无极”两个概念放在一起讨论，同时构建了自己的本体论思想。应该说，周敦颐的思想前后是发生了明显变化的，经历了以“无极”为本体最后到以“诚”为本体的发展过程，这一转变过程透露出他对“太极”和“无极”这两个概念的理解也有变化。而且，“诚”这一概念在周敦颐这里极为重要，不仅具有本体论意义，也具有人性论意义。在这个过程中，周敦颐的本体论思想逐渐走向成熟，同时他也发展了自己关于人性论的观点。
关于周敦颐理学思想的本体，从古至今很多学者都对其有所讨论，并提出了各自的看法。周敦颐讲“无极而太极”，朱熹注释为“只是说无形而有理。所谓太极者，只二气五行之理，非别有物为太极也。又云：以理言之，则不可谓之有；以物言之，则不可谓之无”，认为周敦颐以“太极”为本体；有学者则认为“‘无极’是周敦颐哲学逻辑结构的形而上范畴与其体系的出发点和归宿点。‘太极’是无极’所派生的浑沌未分的东西。”还有学者认为“太极一词是指它作为宇宙根源具有独特的性质的规定，无极一词是指这一宇宙根源本不具有形质的规定，不是实在的某物”，同时又认为“诚”和“太极”是“同质、同体并用的，“太极可以‘诚’字释之，以‘诚’解太极能够说明周敦颐哲学的一贯纲领”。综上所述，关于周敦颐以何为其理学思想的本体，大致有三种说法：以无极为本体、以太极为本体和以诚为本体。
周敦颐首先援道入儒，构建了无极本体论；但随着研究的深入，周敦颐认识到了无极本体论的不足，重新构建了诚本体论，从而真正建构起儒学本体论。这一点可以从《通书》中得到证明。关于《通书》和《太极图说》的关系，各家说法不一。笔者倾向于认为《太极图说》是周敦颐思想未成熟时期的作品，而《通书》成书于周敦颐思想成熟时期，他在《通书》中对《太极图说》的思想进行了发展，抛弃了无极本体，重新建构了一个新本体“诚”。
《太极图说》全文可分为上下两部分：上半部分是从首句“无极而太极”开始到“惟人也”之前，下半部分则是从“惟人也”开始到全文结束。上半部分以“无极”和“太极”两个概念为核心，讨论了本体论与宇宙论的结合；下半部分则延续上半部分宇宙生成论的内容，集中讨论现实中的人，重点在对“人极”的确定。
《太极图说》体现出天人合一的思想，并将这一思想建立在“无极”与“太极”相结合的基础上。也就是说，周敦颐人性论中“中正仁义”的道德规范是基于“无极”这一概念的。但是这种思路是存在问题的，“无极”这一概念很明显源于道家，具有虚、无等含义；而“人性”则是实实在在的。那么实有的“人性”怎么能以虚无的“无极”为基础呢？周敦颐在《通书》便改“无极”本体为“诚”本体，从而更好的使自己的本体论思想与人性论融会贯通。
其实在周敦颐之前，已有对“诚”的讨论：“《中庸》论诚虽已颇详，但却没有具体回答何以它会具有天道的性质，天道又何以会具有伦理的属性。这可以说是先秦儒学在建立道德本体论时所面临的重大理论难题。”周敦颐沿着《中庸》的思路，明确了天道之“诚”的含义，按照从天道到人道的思路来进行。首先，周敦颐论证了诚是道德规范的总称和“百行之源”；然后便试图从人道反推至天道，为“诚”寻找天道的根据，以此论证“诚”来自于天道，从而实现天人同一；最后是把本体论与生成论结合起来，从事物的“万殊”论证道体的“理一”，完成了形而上学系统的构建。
总之，周敦颐通过确立以“诚”为本体实现了伦理道德的天道化，同时也是儒学心性概念的本体化。他的本体思想从最开始的以“无极”为本体演变到以“诚”为本体，这不仅体现了周敦颐思想的成熟过程，也说明了周敦颐善于自我反思不固步自封的优点，值得后世学者学习。