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大慈恩寺位于雁塔区境中心地带、雁塔路南端，距城4公里，是唐代的皇家寺院和国立译经院，属唐长安城的晋昌坊。由于唐高僧玄奘法师在此译经，大慈恩寺成为闻名于世的佛教寺院。
寺院南临曲江，黄渠水绕寺门而过，环境幽静，堪称长安城东南隅的形胜之地。
据史书记载，北魏道武帝时在此建净觉寺，隋文帝在其旧址修建无漏寺，后废。唐贞观二十二年（648年）太子李治为追念其亡母文德皇后祈求冥福，报答慈母恩德，下令建寺，故取名慈恩寺。《唐会要》卷四十八《寺》条记载：
慈恩寺晋昌坊，隋无漏寺废寺。贞观二十二年十二月二十四日，高宗在春宫为文德皇后立为寺，故以慈恩为名。
《大慈恩寺三藏法师传》（下称《慈恩传》）卷七载：
庚辰，皇太子以文德皇后早弃万方，思报昊天，追崇福业……。宣令所司于京城内旧废寺妙选一所，奉为文德圣皇后即营僧寺。……于是有司详择胜地，遂于宫城南晋昌坊里，面曲江，依净觉故伽蓝而营建也。
宋代宋敏求《长安志》卷八《晋昌坊》条载：
高宗在春宫为文德皇后立为寺，故以慈恩为名。
仍选森泉形胜之所。……寺南临黄渠，水竹深邃，为京都之最。
寺的范围，据《长安志》卷八记载，占晋昌坊东部半坊之地。《慈恩传》卷七载：
重楼复殿，云阁洞房，凡十余院，总一千八百九十七间。
晋昌坊的范围，据中国科学院考古研究所西安研究室1979年勘探资料称：其面积为797.2亩（53万平方米），寺占半坊之地，其面积应是398.6亩（26.5万平方米）。今慈恩寺院，是原寺院的西塔院，原有面积50.4亩(3.36万平方米)，今实际面积46.69亩（3.11万平方米）。
据载，为建慈恩寺在其西塔院专门建造砖瓦窑厂，遗址位于慈恩寺大殿北道西侧，北距大雁塔基座20米。1983年5月文物部门在整修慈恩寺工程中发现，该窑室共有三座，呈品字形排列在一个长3米、宽2米的长方形竖坑中。窑室长度分别为3.8米、3.7米、4.5米，宽度为3.2米、3.0米、4.0米。出土的建筑材料有莲花瓦当陶范、凤凰纹刻砖、莲花纹瓦当、磨光筒瓦、铁
等。
慈恩寺建成后，太子李治令各州诸寺剃度5名僧人，合计300人，并恭请玄奘法师任慈恩寺上座，主持佛事，又请50名高僧为玄奘的助理。玄奘入寺时举行了隆重的仪式，玄奘与50名高僧由弘福寺乘宝车，京城僧众列队随后，文武百官侍卫陪从，乐队奏乐，长安各界人士夹道欢呼。太宗皇帝、皇太子及后宫妃嫔在安福门楼手持香炉目送。自此，玄奘在“翻经院”译佛经达10年之久，并创立唯识宗，又称“慈恩宗”。译经场规模宏大，为长安佛经三大译场之一，遵太宗之命，所需经费由朝廷供给。玄奘的高徒窥基亦住慈恩寺，著疏释义，宏扬唯识宗学说。当时其弟子中还有日本僧人道昭，是日本慈恩宗的开山祖师。慈恩寺遂成为当时中国佛教的高等学府、佛教研究中心，盛极一时。许多国内外僧人质疑问难的络绎不绝，一些不远万里来到长安的印度、西域诸国及日本、朝鲜等国僧人也多慕名住在慈恩寺院。此后一千多年来，大慈恩寺与大雁塔，一直成为中外佛教界人士敬仰朝拜之地。
唐时大慈恩寺建筑共有13座庭院、1897间（包括翻经院），重楼复殿，十分壮观。著名画家阎立本、尉迟乙僧、吴道子等绘有许多壁画，更使殿堂气势轩昂庄严。唐代诗人岑参有诗句描述：“竹外山低塔，藤间院隔桥。”当年慈恩寺院的独特建筑风格由此可知大概。对于寺院建筑的总体布局、十余院的功能及各院的建筑特色，除现有的一个院落（即当时的西塔院）外，其余早已荡然无存。依据有关资料记载，寺院当时的主要建筑为：
【翻经院】 玄奘法师译经之处，此院建筑极为庄严，《慈恩传》卷七记载：“虹梁藻井，丹青云气，琼础铜，金环华铺，并加珠丽。”
【元果院和太真院】 当时，慈恩寺院广种花木，其中以牡丹最为盛名，有早开的紫牡丹，也有迟开的白牡丹，都是珍贵上等品种。据宋钱易《南部新书》载：“长安三月十五日两街看牡丹，奔走车马。慈恩寺元果院牡丹，先于诸牡丹半月开；太真院牡丹，后诸牡丹半月开。”有诗人描写寺中牡丹盛况：“曲水亭西杏园北，浓芳深院红霞色”；“艳蕊鲜房次第开，含烟洗露照苍苔。”“长安豪贵惜春残，争赏先开紫牡丹。别有玉杯承露冷，无人起就月中看。”
【东楼】 唐刘得仁《慈恩塔下避暑》诗：“座久东楼望（一作上），钟声振（一作送）夕阳。”唐代曹松还写有题为《慈恩寺东楼》诗。可见寺内有东楼。
【南池】 唐韦应物《慈恩寺南池秋荷咏》诗：“对殿含凉气，裁规覆清沼。”殿应是指慈恩寺主要殿堂，南池面对大殿，池中有莲花，由于佛教认为弥陀的净土以莲花为象征，故指净土曰莲。因此，佛教寺院多植莲花。
【碑屋】 唐显庆元年（656年），在佛殿的东南为放置高宗《御书大慈恩寺碑》修建的房舍，人称碑屋。《慈恩传》卷九记载：“碑至，有司于佛殿前东南角别造碑屋安之。其舍覆拱重栌，云楣绮栋，金华下照，宝铎上晖，仙掌露盘，一同灵塔。”由此可见，当年碑屋的华丽，非同一般。据说，唐高宗爱好书法，擅长楷、隶、行、草，尤精飞白。这块碑作行书，又用飞白势作“显庆元年”四字，并穷神妙。
【戏场】 唐代中叶后，慈恩寺是长安城中著名的戏场所在。据宋钱易《南部新书》戊载：“长安戏场，多集于慈恩，小者在青龙，具次荐福、永寿。”又据唐代张固《幽闲鼓吹》载：“宣宗嘱念万寿公主，盖武皇世有保护之功也。驸马郑尚书（即郑颢）之弟尝危疾，上使讯之，使回，上问公主视疾否？曰：‘无’。‘何在？’曰：‘在慈恩寺观戏场。’……。”
【西塔院】 即今存的寺院，当时称塔院或西塔院。当年寺院的建筑装饰，相当讲究，其中最有特色的为佛教题材的壁画。唐代张彦远《历代名画记》卷三中，记载当时的名品有：
塔内东西间，尹琳在西面画有菩萨骑狮子，东面画有骑象。
塔下南门西壁，尉迟画的千钵文殊。
塔北殿前窗间，吴道子画有菩萨。
殿内杨庭光画有经变。
大殿东廊以北第一院有郑虔、毕宏、王维等白画。西廊壁间有阎立本的画。中间及西廊有李果奴画的行僧。
塔的东南中门外，有张孝师画的地狱变。
院内东廊第一房间南壁，韦蛮画有松树，中三门里两面，有尹琳画的神。
这些中华民族的艺术瑰宝，在历代风雨沧桑中，早已荡然无存。
今慈恩寺院的建筑和布局，为明天顺二筚（1458年）后陆续修建形成的。
寺山门朝南，两侧有钟、鼓楼相对峙，东边钟楼内悬挂铁钟一口，为明嘉靖二十七年（1548年）十月铸造，重1.5万公斤，上铸有“雁塔晨钟”字样。钟为寺院召集众僧之号令，“晓击则破长夜，警睡眠；暮击则觉昏衢，疏冥昧。”
位于寺院中心高台上的佛殿，为大雄宝殿。初建于明天顺二年至成化二年（1458～1466年）。清光绪十三年(1887年)曾大修。殿内供有泥塑三身佛像及弟子阿难、迦叶像，东西两侧塑有18罗汉及玄奘像等。大雄宝殿后为藏经楼，存有《碛砂版大藏经》《藏文大藏经》等重要经典。楼下是讲堂，为佛教徒讲经说法之处，供奉阿弥陀佛铜像一尊，高一米多。殿内珍藏玄奘亲手供奉的佛座一件，还有唐代青响石四大天王像佛座一方。此石采自蓝田玉山，敲之铿锵有声，清脆悦耳，故名为“青响石”。